Размер вреда, причиненного водным биоресурсам, исчисляется в натуральном и в стоимостном выражении, исходя из затрат на восстановление нарушенного состояния водных биоресурсов, с учетом понесенных убытков и упущенной выгоды.
Приказом Росрыболовства от 25.11.2011 N 1166 утверждена Методика исчисления размера вреда, причиненного водным биологическим ресурсам в результате нарушения законодательства в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов, в результате стихийных бедствий, аномальных природных явлений, аварийных ситуаций природного и техногенного характера, а также от осуществления планируемой хозяйственной и иной деятельности, влияющей на состояние водных биоресурсов и среды их обитания.